機械学習を用いたバーチャル細胞の作成
目次
1. はじめに
本記事は、以下の続きです。
https://www.bioinforest.com/vcell-scenic2
本記事ではLASSOなどの回帰や機械学習を用いて遺伝子発現を予測したモデルを構築し、それに基づいてバーチャル細胞を作成します。
2. 目次
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転写因子のリストをJASPARなどのDBから取得する。
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LASSOによる転写因子を変数としたモデリング。
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LASSOで決定された係数に基づいた発現制御構造の予測と棒グラフによる可視化。
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複数遺伝子に対するLASSOの結果をカーネル密度を利用して可視化する。
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クロマチン領域のLASSOによるモデリング。
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ゼロ過剰LASSOを利用したモデリング。