【備忘録】HISAT2の準備【RNA-Seq】

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こちらから「Binaries」の「Version: HISAT2 2.2.1」をクリックし、「Version: HISAT2 2.2.1」の「Linux_x86_64」の横にある「https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download」をクリックしてダウンロードします。

解凍します。

$ unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip

解凍して得られたフォルダの中に、hisat2、hisat2-buildがあり、これらをそのままコマンドとして使うことができます。

インデックスの作成は以下のように行います。

Hisat2_build=/home/neko/bin/hisat2-2.2.1/hisat2-build

Ref=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa

Index_name=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel

$Hisat2_build $Ref $Index_name

シングルエンドのマッピングは以下のように行います。

BASE=/home/neko

fname=$1

Cpu=14

Read=$BASE/fastq_clean

Dir=$BASE/bam

Hisat2=/home/neko/bin/hisat2-2.2.1/hisat2

Ref=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa

IndexName=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel

samtools=/home/neko/bin/samtools/samtools

mkdir -p $Dir

$Hisat2 -x $IndexName \

       	-U $Read/$fname.clean.fastq.gz \

		-p $Cpu | $samtools view -Shb - > $Dir/$fname.bam

ペアエンドのマッピングは以下のように行います。

BASE=/home/neko

fname=$1

Cpu=14

Read=$BASE/fastq_clean

Dir=$BASE/bam

Hisat2=/home/neko/hisat2-2.2.1/hisat2

Ref=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa

IndexName=/home/neko/src/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel

samtools=/home/neko/bin/samtools/samtools

mkdir -p $Dir

$Hisat2 -x $IndexName \

       	-1 $Read/${fname}_paired_1.fq \

	-2 $Read/${fname}_paired_2.fq \

	-p $Cpu | $samtools view -Shb - > $Dir/$fname.bam