遺伝子制御ネットワークに基づいたバーチャル細胞の作成
目次
1. はじめに
本記事は、以下の続きです。
https://www.bioinforest.com/vcell-grn1
本記事ではRNA-SeqおよびATAC-Seqなどのマルチオミクスのデータを用いて構築した遺伝子発現ネットワークに基づいてバーチャル細胞を作成する方法を説明します。
2. 目次
-
細胞の未来予測研究の歴史。
-
Dynamoを利用したバーチャル細胞の理論と作成。
-
SCINICを利用したバーチャル細胞の理論と作成。
-
scGPTを利用した摂動予測。
-
DeepVeloを利用したバーチャル細胞の理論と作成。
-
SCINIC+を利用したバーチャル細胞の理論と作成。
-
scRNA/ATAC-Seqの両方を深層学習/数理モデルを組合わせたバーチャル細胞の理論と作成。
-
RNA velocity解析による初期値の取得と可視化。